日本的水路航道事业开始于1871年。在很长一段时间内，水路事业虽然在日本已经取得了稳步的和显著的进展，但是，随着人们对更完善的水路服务需求的日益增长，进一步发展水路学的技术和供应更多样化的航海图和出版物已成为必然。
目前，海洋开发和环境评估已成为国家的重点推广项目。为推动此项目,必需重新整理现有的关于海洋的基础和科学方面的数据，并且对这些数据进行更有效地利用和分析。
与此同时，随着水路测量和海洋观测需要的逐年增加，渴望提高从事相关民营企业技术水平的需求也随之出现。
在这种情况下，人们已充分认识到，在水路事业方面，只靠政府已不能满足这些不同的需要。基础数据的实际应用和及时采取措施满足水路需求已成为当务之急。
鉴于这种情况，日本水路协会于1971年3月成立。