明治4年(1871年)に創始された日本の水路業務が、昭和46年に100周年を迎えるに当たり、記念事業の一環として協会設立の構想が生まれました。当時わが国の周辺海域では、外航船舶の増大・大型化が進み、またマリンレジャーの普及に伴って遊漁船・プレジャーボートが登場し、海上交通の安全の観点から海図のほかにも多種多様な図誌類の刊行が望まれ、また、海洋開発と海洋環境の保全とが新たな国家的課題となり、これに必要な海洋に関する科学的・基礎的資料の整備とその解析・提供が急務となり、さらに水路測量・海洋調査等の作業を行う民間企業においても、技術水準の向上が望まれる状況にありました。
これらの要請に応えるため、日本船舶振興会、日本船主協会、日本造船工業会、日本海事財団、日本海難防止協会の各会長及び元海上保安庁長官柳沢米吉氏が発起人となり、昭和46年(1971年)3月18日財団法人日本水路協会の設立が許可されました。
その後、平成24年(2012年)1月4日、「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律」に基づく"一般財団法人"に移行しました。